二者性质、特点、职能不同。

企业单位是以盈利为目的独立核算的法人或非法人单位。

它的特点是自收自支，通过成本核算，进行盈亏配比，通过自身的盈利解决自身的人员供养，社会服务，创造财富价值。

企业单位的登记在工商行政管理部门进行。企业单位与职工签订劳动合同。发生劳动争议后，企业单位进行劳动仲裁。

事业单位是以政府职能、公益服务为主要宗旨的一些公益性单位、非公益性职能部门等。

它参与社会事物管理，履行管理和服务职能，宗旨是为社会服务，主要从事教育、科技、文化、卫生等活动。其上级部门多为政府行政主管部门或者政府职能部门，其行为依据有关法律，所做出的决定多具有强制力，其人员工资来源多为财政拨款。

事业单位的登记在编制部门进行。事业单位与职工签订聘用合同。发生劳动争议后，事业单位进行人事仲裁。

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（编辑：广东华图）