效益性审计与合法性审计存在的区别包括：

　　1、在审计思想上的区别：合法性审计是问题和过程导向性审计，通过对违规问题的查处和纠正，促进对既定制度的维护，达到提高效益的目的；效益性审计则是效益和结果导向的审计，通过预期目标与实际结果之间存在的缺口，找出制度上或管理上的缺陷，通过完善制度和管理，达到提高效益的目的；

　　2、在审计流程上的区别：为了提高审计质量，合法性审计全面审计的目的是突出重点（即重点环节和重点方面），而效益性审计是在突出重点的基础上追求全面性（即系统性和整体性）。

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（编辑：广东华图）